Rùa và Shredder chiến đấu một lần nữa, lần này là để giành lấy hộp chứa chất lỏng cuối cùng đã tạo ra Rùa, mà Shredder muốn tạo ra một đội quân gồm những dị nhân mới.
Bốn chú rùa du hành ngược thời gian về thời của các samurai huyền thoại và chết người ở Nhật Bản cổ đại, nơi họ rèn luyện để hoàn thiện nghệ thuật trở thành một samurai. Những chú rùa cũng hỗ trợ một ngôi làng nhỏ trong cuộc nổi dậy.
